Im Jahre 1985 trat Matthias Janz die Leitung des Symphonischen Chores als Nachfolger von Wilhelm Brückner-Rüggeberg an.
Vor allem zusammen mit den Hamburger Symphonikern wurden in der Hamburger Laeiszhalle die großen Werke der Oratorienliteratur aufgeführt, wobei es Prof. Janz auch oft darum ging, Entlegenes und fast Vergessenes aufzuspüren und einzustudieren.
Matthias Janz ist seit 1975 auch Leiter des Flensburger Bach-Chores, zu dem das „Collegium Vocale”, die Jugend-Kantorei sowie der Kinderchor gehören.
An der Musikhochschule in Lübeck hatte er bis zum Jahr 2018 einen Lehrauftrag für Oratorienleitung, seit 1992 als Professor. Er leitet auch den Landesjugendchor Schleswig-Holstein.
Er erhielt Preise bei internationalen Chorwettbewerben und wurde 1981 mit dem Kulturpreis der Stadt Flensburg und 1997 mit dem Bundesverdienstkreuz ausgezeichnet. Für sein Wirken im deutsch-dänischen Raum erhielt er 2004 den Kulturpreis der Region Sønderjylland-Schleswig sowie im April 2012 das „Ritterkreuz des Dannebrogordens“ von der dänischen Königin Margrete II. Im Mai 2013 wurde ihm der Brahmspreis von der Schleswig-Holsteinischen Brahms-Gesellschaft verliehen.
Matthias Janz ist ein gefragter Organist, Cembalist und Dirigent, den viele Reisen durch Europa, Südafrika und die USA führten, bei denen CD-, Rundfunk- und Fernsehaufnahmen entstanden.